Protocolo é um conceito que admite várias acepções. Em geral, é usado para denominar o conjunto de instruções ou normas que, seja por acordo ou por tradição, permite orientar um comportamento.
Investigação, no que lhe diz respeito, é o processo e o resultado de investigar (a acção metódica que se leva a cabo com a intenção de aumentar os conhecimentos sobre algo ou com o objectivo de realizar um descobrimento).
Os protocolos de investigação, por conseguinte, são guias que detalham distintas questões que se consideram na hora de desenvolver um trabalho de investigação. A sua finalidade é acordar procedimentos comuns a todos os investigadores, de forma a facilitar a análise dos resultados e que as conclusões do trabalho possam ser partilhadas de forma simples.
Um protocolo de investigação, por outro lado, assenta referências de trabalho que se pretende desenvolver e estabelecer sob que parâmetros serão interpretados os resultados do projecto.
Uma vez realizada a investigação, outro cientista pode tomar o protocolo em questão e estudar a documentação utilizada e os passos seguidos. Desta forma, a comunidade científica está em condições de considerar a validade e a qualidade da investigação realizada. Graças ao protocolo de investigação, por outro lado, o trabalho de investigação pode verificar-se e repetir-se passo a passo.
Em suma, um protocolo de investigação deve incluir um resumo do trabalho de investigação, o planeamento do seu problema, o detalhe dos objectivos, o âmbito teórico seguido, as técnicas que tenham sido aplicadas e a metodologia usada para analisar os resultados, entre outras informações.